Il movimento dei disciplinati è un movimento penitenziale laico che prese avvio a Perugia nel 1260 per volontà di Fra Raniero Fasani e si espanse, successivamente, sia in Italia sia in Europa. Alla base del movimento vi era la pratica della flagellazione, tipica sia degli eremiti che come castigo per i monaci inadempienti, tramutata però in pratica pubblica. All’inizio il movimento era processionale e successivamente diede vita a numerose confraternite e tra le più importanti vi furono quella di San Francesco, Sant’Agostino e San Domenico riunite in sodalizio dal 1472. Queste confraternite avevano un ruolo sociale molto importante in quanto elargivano elemosine ai poveri, gestivano degli ospedali dedicati ai pellegrini, fornivano la dote alle zitelle e si occupavano di recitare le laude durante le festività e nelle processioni.

L’Oratorio della Confraternita di San Francesco venne fondato nel 1322 e, nel corso dei secoli, prese l’appellativo di “Oratorio dei Nobili” in quanto tra le fila dei suoi confrati si annoveravano i membri delle più importanti famiglie perugine. Nel corso dei secoli il volto dell’oratorio cambiò numerose volte e quello che si vede oggi è frutto dei lavori di riammodernamento che presero avvio tra la fine del Cinquecento e gli inizi del Seicento.

Nell’atrio si possono ammirare la decorazione in stucco realizzata tra il 1675 e il 1676 dal francese Jean Regnaud, detto Jean de Champagne, arrivato a Roma come pensionato all’Accademia di Francia dalla regione di Champagne. Nell’Urbe lavorò come assistente di Gian Lorenzo Bernini nella realizzazione della Cattedra nella Basilica di San Pietro in Vaticano realizzando i modelli preparatori per la fusione in bronzo del seggio pietrino inoltre lavorò in numerosi cantieri diretti da Bernini come stuccatore. Questi lavori fanno parte dell’ultima fase nota della sua attività e raffigurano l’Ascensione circondata da Putti con i simboli della Passione e scene della vita di cristo mentre nelle lunette laterali modellò San Francesco e San Ludovico da Tolosa.

La chiesa era il cuore pulsante della confraternita usata sia per celebrare messe solenni sia per svolgere le adunanze e la sua decorazione è tra gli esempi più importanti e completi del primo barocco perugino. Le otto tele che si quadernano nelle pareti laterali sono opera del perugino Giovan Antonio Scaramuccia e vennero realizzate tra il 1611 e il 1625 e raffigurano: l’Annunciazione; la Visitazione; la Natività; l’Adorazione dei Magi; la Presentazione al Tempio; la Fuga in Egitto; la Disputa con i Dottori e la Resurrezione.

La pala d’altare con l’Assunzione di Cristo è opera di Lonardo Cungi, natio di San Sepolcro formatosi a Roma a contatto con i seguaci di Michelangelo, nel 1558. I santi ai lati, invece, Francesco e Ludovico sono lavori di Paolo Gismondi nel 1665. Nella parete opposta Sant’Agostino e San Domenico vennero affidati al pennello di Bernardino Gagliardi nel 1657. Di particolare pregio sono le lavorazioni in legno: la manifattura degli scranni venne affidata al perugino Marco Pace e all’eugubino Sciarra Bovarelli nel 1584; il seggio dei Priori e quello dei regolatori sono opera di Giampietro Zuccari di Sant’Angelo in Vado così come parte della decorazione delle cornici che adornano i quadri portata a termine, alla morte del maestro, dai tedeschi Giorgio Rachele d Boeslavia e Stefano Stobe da Regimont nel 1620. La realizzazione del maestoso soffitto ligneo venne invece affidata a Girolamo di Marco detto il Veneziano e Maestro Ercole tra il 1570 e il 1574.

In sacrestia vi è conservato uno splendido esemplare di Crocifisso semovente databile intorno al Quattrocento mentre sopra l’altare si trova il gonfalone raffigurante un tema molto caro alle compagnie dei disciplinati: la Flagellazione di Cristo opera di Pietro Galeotto nel 1480.